I volontari dell'Associazione si sono divisi in gruppi tematici per poter organizzare al meglio le varie attività collettive. ogni gruppo ha una persona di riferimento ed un gruppo consolidato di volontari che portano avanti le varie iniziative, molto spesso in collaborazione tra di loro

Il Gruppo Salute si occupa delle problematiche legate alla sensibilizzazione e alla prevenzione delle malattie sessualmente trasmissibili e si riunisce in sede ogni lunedì sera alle 21:30.

Il Gruppo Giovani "Mind the Gap" è il gruppo dei volontari più giovani dell'Associazione: dai 16 ai 26 anni. E' il gruppo delle "nuove leve, con l’appoggio e la supervisione del direttivo del circolo Arcigay/lesbica di Perugia, e si occupa di seguire eventi ed appuntamenti anche a livello nazionale.

La K-zone (o Mediateca) è il punto d'incontro per chi vuole confrontarsi con gli altri o leggere un buon libro semplicemente studiare in un posto accogliente con una fornitissima biblioteca, un'altrettanto fornita videoteca ed un accesso ad internet disponibile.

Tematiche Trans è il gruppo che si occupa più da vicino delle delicate tematiche legate al transgenderismo e al percorso di passaggio di genere: un punto di riferimento per tutti coloro che vogliono approfondire o semplicemente saperne di più.

Il Gruppo Accoglienza (o Welcome Group) è il gruppo che aiuta i nuovi amici dell'Omphalos ad ambientarsi e ad avere un approccio morbido con l'associazione.